重建後的皇崗口岸預計第四季投入服務，會採用嶄新的「合作查驗、一次放行」通關模式。合資格的香港居民即日起可透過入境事務處的「香港e-道」流動應用程式，登記使用合作查驗自助通道。
新皇崗口岸設有134條合作查驗自助通道和68個傳統人工櫃枱。入境處估計，口岸開通初期，每日至少有十萬人次出入境。為提升旅客通關體驗和效率，口岸採用「合作查驗、一次放行」通關模式。
已登記的旅客使用合作查驗自助通道時，只需排隊一次和出示一次證件，便可完成港深兩地出入境手續。整體通關時間會由原來約30分鐘大幅縮減至約五分鐘。
凡年滿七歲或以上並符合資格的香港居民可登記使用合作查驗自助通道。合資格香港居民類別包括持有香港永久性居民身份證和《港澳居民來往內地通行證》，即回鄉證，並已登記內地快捷通道；持有香港永久性居民身份證和《港澳居民來往內地通行證（非中國籍）》，並已登記內地快捷通道；持有香港居民身份證和回鄉證，並已登記內地快捷通道；或持有香港居民身份證和往來港澳通行證並附有有效赴港簽注。
符合上述資格，並年滿18歲的香港居民均可以使用具備生物特徵認證技術的智能電話，下載入境處的「香港e-道」流動應用程式，選擇「合作查驗」，以「智方便」核實身分後，按照指示完成登記使用合作查驗自助通道的手續；而7至17歲的合資格香港居民，必須由父母或合法監護人以其「香港e-道」流動應用程式代為辦理登記手續。
此外，所有合資格香港居民也可前往設置於皇崗口岸的e-道登記處或自助服務站即場辦理登記；而18歲或以上的合資格香港居民更可在合作查驗自助通道同時登記並完成辦理兩地出入境手續。
持有往來港澳通行證並附有有效訪港簽注的內地訪客也可前往設置於皇崗口岸的e-道登記處即場辦理登記；而18歲或以上的合資格內地訪客可在合作查驗自助通道同時登記並完成辦理兩地出入境手續。
14歲或以上的合資格香港居民和內地訪客在登記使用合作查驗自助通道時，更可一併登記「刷臉通關」服務，通過免出示證件模式使用自助通道服務。
入境事務處助理處長汪奇今日在記者會上介紹服務時說，口岸開通初期，很多旅客或會在體驗通關時遇到問題，現場會安排足夠人手解答。
入境處提醒，旅客使用合作查驗自助通道往來香港和內地仍須攜帶符合兩地出入境要求的有效旅行證件。旅客也可選擇使用傳統人工櫃枱辦理出入境檢查手續。
至於車輛方面，海關指，在「合作查驗、一次放行」的新清關模式下，離境車輛需先經過海關前置亭，接受海關風險評估，再駛入聯合一站式車道。
車道採用全新三度閘門設計，並利用全新設計的信息採集一體機，為司機一次過完成體溫、證件、容貌和指紋資料採集，整個過程只需要一張證件、一體採集，便可以完成五方查驗、一次放行。
海關助理關長（邊境及港口）蔣依莉表示，原有的落馬洲/皇崗口岸大樓並非直接相連，車輛抵達皇崗口岸後，乘客下車後再進行深圳邊檢和海關檢查，整個流程需時十分鐘。而新皇崗口岸的聯合一站式車道可將整個流程壓縮至兩分鐘。